Se debe recordar que los préstamos hipotecarios son sujetos a comisiones de apertura y cancelación. Al conceder el préstamo, el acreedor o entidad otorgadora cobrará una comisión por apertura que cubre gastos de estudio y tramitación del préstamo. Esta cantidad es generalmente un porcentaje mínimo sobre el importe total del préstamo solicitado

En algunos casos el solicitante del préstamo podrá pagar una comisión por amortización anticipada cuando ésta se produce, es decir, cuando se decide destinar dicha cuota para aminorar el monto del préstamo, ya sea cambiando la cuota de pago el número de años fijados para el pago total.

También existe la posibilidad de amortización total o parcial de un préstamo hipotecario que bien puede discutirse directamente con el acreedor o entidad otorgadora del crédito, no obstante es obligatorio que la tarifa de comisiones autorizada por el Banco de España esté a disposición de cualquier persona que quiera consultarla.

Finalmente, hay que familiarizarse un poco con la TAE, siglas con la cual se conoce al concepto de Tasa Anual Equivalente que resulta al incorpora las comisiones hipotecarias, el plazo de la operación, y el tipo de interés nominal. Con la TAE se puede conocer el coste real o efectivo de las operaciones hipotecarias en el momento en que se formaliza el préstamo.